甲公司和乙公司双方签订买卖合同，甲公司向乙公司购入价值100万元的货物用于试制新产品，承诺3个月后付款，双方未对所有权的转移作出其他约定。甲公司应乙公司的要求，请A公司和B公司作担保人。其中，A公司以自有的一套加工设备提供抵押担保，B公司提供保证担保。

乙公司向甲公司按期供货后，甲公司为筹集资金，将购入的该批货物作为抵押物，向银行贷款50万元，并办理了抵押登记手续。几天后，甲公司又将已经用于抵押的一部分货物以30万元的价款转让给丙公司。该转让合同签订时甲公司没有经银行同意。由于试制新产品失败，甲公司在承诺的付款期满后，未能向乙公司支付所欠的货款。乙公司要求B公司代为偿还。B公司认为合同中未注明保证的方式，属于一般保证。在乙公司就甲公司财产依法强制执行用于清偿债务前，自己享有先诉抗辩权，拒绝承担保证责任，另外，B公司还认为自己提供的是保证担保，乙公司应当先就A公司物的担保实现债权。

乙还调查了解到甲公司的以下情况：

(1)甲公司是由C、D、E三位股东共同出资设立的有限责任公司，三位股东各持有1/3的股份。该公司没有设立董事会，由C股东担任执行董事兼监事，D股东担任总经理兼公司法定代表人。

(2)对甲公司将其用于抵押的设备在抵押期内又转让的做法，E股东认为不合法。E股东曾提议召开临时股东会讨论解聘C的职务，但由于C股东和D股东拒绝未能召开。

(3)D股东曾私自将公司的部分资产为其亲友贷款作抵押，给甲公司造成损失10万元。

要求：请根据上述资料，回答下列问题。

(1)甲公司将购入后尚未付款的货物用于抵押担保是否合法?并说明理由。