国家出于保护农业生产者的利益，出台凭收购发票抵扣的政策，实际上农业生产者真正受益不多，反而出现大的税收漏洞，应考虑从制度上解决这一问题，取消农产品收购发票抵扣税款，一律使用普通发票作为收购免税农产品扣税凭证。

　　当前，农产品收购发票开具存在“三乱”。农产品收购发票的开具最明显的特征是“三自模式”：自己开具、自己付款、自行计算申报抵扣。这“三自”特点直接导致收购发票管理“三乱”现象的产生。

　　一是农产品开具对象之“乱”。按规定只有从农业生产者个人购买的自产农产品，才允许开具收购发票。随着市抄济的发展，农村商贩和农业经纪人的大量涌现，造成涉农加工企业难以辨别所购货物是否为农业生产者自产。

　　二是农产品价格开具内容之“乱”。按规定收购发票可以按照收购价格与抵扣率直接计算增值税抵扣。因此，有的企业在向小规模纳税人或个体经营者购买农产品时，在未取得或有意不取得普通发票的情况下，也自行填开农产品收购发票入账，有的还将运费、包装费等一并列入收购金额开具，从而达到多抵扣税之目的。

　　三是农产品收购企业税款征缴之“乱”。按规定收购发票每笔收购业务必须逐笔及时开具。有的企业将农产品收购发票当作调整各期税额的“蓄水池”，以便调节各期应纳税额。

　　国际上对农业生产增值税政策主要有两种处理方法：一是将农业生产者与其他纳税人同等对待，纳入统一的征税抵扣机制，凭票扣税、依率计征;二是对自产农产品实行免税或零税率，下一环节购进免税农产品也存在允许抵扣和不允许抵扣两种办法。我国目前还处于传统农业向现代农业的转型期，一方面，以家庭为单位的生产组织形式尚不具备将农业生产者纳入增值税征扣税机制的条件;另一方面，处于起步阶段的农产品加工流通行业无法承受不抵扣进项税款所产生的成本压力。但从上述问题看，应从制度和管理层面破解这一难题，完善农产品收购发票增值税管理。

　　完善农产品增值税税收政策

　　建议统一农产品进、销项计算依据，堵塞税收漏洞。改变现行的对农产品进项税额以农产品收购发票注明的“买价”计提进项规定。以农产品收购发票或取得的普通发票的票面价款为含税价款，在计算进项税额时，先换算为不含税价款，再按13%的扣除率计算进项抵扣税款，从税制上解决因进、销项计税依据、计算口径不同而造成多抵少征、进大于销，从而解决农产品收购加工企业长期零税负申报或低税负申报，使增值税抵扣政策更为合理。

　　建议调整抵扣方法，改“购进扣税法”为“实耗扣税法”。 我国现行的增值税制度实行的是“购进扣税法”。多年的税收征管实践一再证明，这种计税办法对自开自抵进项税额的农产品收购加工企业而言，税务机关确实没有更好的办法解决税款流失的问题。基于此，可考虑用“实耗扣税法”来解决这个问题。

　　建议统一农产品及深加工产品税率。对以农产品为主要原料的生产企业，国家统一核定，适当降低税率，以保护以农产品为原料企业的正常利润。国家出台农产品增值税优惠政策的初衷是促进农业的发展，农产品产业的发展需要各个环节的紧密配合，而不仅仅是农产品的某个阶段。但是，按照《财政部、国家税务总局关于印发〈农产品征税范围注释〉的通知》(财税〔1995〕52号)文件中的农产品范围分别确定初级农产品税率为13%，对以农产品为原料生产的工业品则需按17%税率征税，这不仅与税法的公平原则相背离，更不利于农产品深加工行业的发展，最终会影响农业产业的发展。可以考虑将初级农产品及深加工农产品增值税税率统一为13%，以体现增值税税收中性的本质，最大限度体现税法公平和落实优惠政策，支持农业生产的发展，提高我国农产品精深加工行业的竞争力。

　　改进农产品增值税管理

　　通过第三方支付农产品收购货款。因“以票控税”在农产品收购发票增值税管理上存在漏洞，是否考虑“以资金控税”来加强管理，即要求农产品收购企业在银行、农村信用社等设立专户，由第三方支付农产品收购货款。随着金融分支机构在广大农村地区的普及，以及互联网金融的发展，农产品收购交易的第三方支付成为可能。

　　运用信息技术，加大纳税评估力度。加大对农产品抵扣企业纳税评估力度，着重对农产品收购业务的票、款、是否一致，对象是否合法、资金流转是否正常、收购数量与企业的生产能力是否匹配，账面库存与实物库存是否一致等方面进行重点评估。

　　从增值税原理分析，应取消农产品收购发票

　　从增值税设计原理分析，上一环节征了税下一环节方可凭购货发票进行税款抵扣。理论上讲，农产品免税，就不应该允许税款抵扣。国家出于保护农业生产者的利益，出台凭收购发票抵扣的政策，实际上农业生产者真正受益不多，反而出现大的税收漏洞，应考虑从制度上解决这一问题，取消农产品收购发票抵扣税款，一律使用普通发票作为收购免税农产品扣税凭证。这样，一般纳税人在购进农产品时，自然要向出售者索取普通发票用于抵扣，从而促使中间商到税务机关办理税务登记领取普通发票，有效地防止税收流失。对少数农业生产者偶尔出售免税农产品给一般纳税人的，可携带户籍证明等到国税机关免费代开普通发票。可以说，税务机关代开的普通发票和中间商开具的普通发票比一般纳税人自己开具的收购发票要真实可靠得多。